El CDC, fue creado el 6 de diciembre de 1989, mediante el convenio entre la Universidad de San Carlos de Guatemala y The Nature Conservancy (TNC). Dicho convenio fue aprobado por el Consejo Superior Universitario –CSU–, según consta en el punto Décimo tercero del Acta No. 72–89 el 17 de noviembre de 1989. Se estableció dentro del Centro de Estudios Conservacionistas –CECON–, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Su creación obedeció a la necesidad de contar con una unidad especializada en el manejo de información sobre la diversidad biológica nacional. El trabajo inicial fue el acopio, organización, sistematización, análisis y accesibilidad de la información sobre los elementos de conservación: especies de flora y fauna, ecosistemas, producida en el país o por investigadores extranjeros, dispersa en distintas instituciones. Esta información permitiría conocer el estado, amenazas de los elementos de conservación y detectar los vacíos, para mejorar los procesos de planificación, investigación y toma de decisiones informada.
Los vacíos de información crítica sobre la diversidad biológica nacional, encontrados fueron fundamentales para constituirse como unidad de investigación del Centro de Estudios Conservacionistas –CECON–. Esta unidad de investigación fue acreditada en el 2003 por el Instituto de Investigaciones Químicas y Biológicas –IIQB–, de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, según consta en el punto décimo del Acta No.22–2003 de la sesión celebrada por la Junta Directiva de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la USAC, el 17 de julio del 2003.